Bayersoien gehörte zum Kloster Ettal im Kurfürstentum Bayern, eigentlich aber zur Hofmark Soyen. Ettal übte in der Hofmark auch die Hochgerichtsbarkeit aus. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde. 1968 wurde Bayersoien Luftkurort und 1996 Heilbad.

Wenige Kilometer von Bayersoien entfernt befindet sich die 183 m lange Echelsbacher Brücke. Diese wurde im Jahr 1929 für 900.000 RM Baukosten fertiggestellt und war mit 130 m Bogenspannweite die weitestgespannte Melan-Bogenbrücke der Welt.