Der Staffelsee gehört mit seiner gesamten Fläche (einschließlich aller 7 Inseln etwa 8,1 km²) zur Gemeinde Seehausen a. Staffelsee, einem staatlich anerkannten Erholungsort im oberbayerischen Landkreis Garmisch-Partenkirchen Im Norden und Westen hat auch die Gemeinde Uffing Anteil am Seeufer. Der Markt Murnau am Staffelsee hat im äußersten Südosten 210 Meter Seeufer (zwischen Strandbad Murnau und Schiffsanlegestelle).

Der See ist ein beliebter Badesee mit mildem, moorhaltigem Wasser, der sich schnell erwärmt und hat eine maximale Tiefe von 39 Metern.

Im Sommer 2003 wurden im Staffelsee an alten Stegpfosten, die früher einer Brücke von Seehausen über St. Jakob auf die Insel Wörth dienten, Süßwasserschwämme Spongilla lacustris, die in Europa nur selten vorkommen, entdeckt. Das besondere an diesen Schwämmen ist, dass sie in Fachbüchern nie größer als 30 cm aufgeführt werden, im Staffelsee allerdings über die Größe eines Mannes herausragen.